小程序商城的运营模式主要有以下几种：

1、自营模式：小程序商城自己拥有商品、库存、物流等资源，直接进行商品的销售和物流的配送。自营模式需要投入更多的人力、物力和财力，但可以更好地控制产品质量、提高用户体验，对品牌塑造也更有利。

2、平台模式：小程序商城作为平台，提供销售渠道和交易平台，吸引品牌商、厂家和个体经营者入驻，提供给消费者丰富的商品选择。平台模式的优点是可以快速建立规模，降低成本和风险，但需要更加重视平台规则的制定和执行。

3、代理模式：小程序商城选择优质供应商或品牌作为合作伙伴，代理其产品进行销售，分成或提成作为收益。代理模式的优点是风险较小、成本低，但需要注意代理品牌的可靠性和质量。

4、O2O模式：小程序商城将线上商城和线下门店进行融合，实现线上线下互通。消费者可以在小程序上浏览商品信息、在线下单，再到线下门店进行自提或者享受门店服务。O2O模式需要建立起完善的线上线下服务体系，提高用户体验，但可以提高线下门店的流量和销售额。

以上是小程序商城的主要运营模式，实际运营中还需要根据实际情况进行合理的组合和创新，提高商城的竞争力和盈利能力。